Na temat dawnych organów kolegiackich mamy bardzo skąpe wiadomości. W 1604 r. kapituła zawarła z organmistrzem Hansem Kawelem (Kauelem) ze Świętej Siekierki kontrakt na budowę dużych, czyli głównych, organów. Instrument ów był odnawiany w 1650 r. przez Michała Mollera z Gdańska za sumę 1021 grzywien; wysokość wynagrodzenia mogłaby świadczyć wręcz o dokonaniu przebudowy. Nowe organy konsekrowano w 1837 r. Wydaje się jednak mało prawdopodobne, aby tak wcześnie mogła powstać zachowana do dzisiaj szafa. Prospekt należałoby datować na lata około 1870-1880. Na odwrocie tego prospektu odnaleziono, co prawda odręczny podpis organmistrza (nazwisko nieczytelne), położony w maju 1898 r., zapewne dotyczył on jednak naprawy instrumentu. Kolejnej naprawy dokonał w latach 1932-1933 Bruno Goebel z Królewca. Ówczesne organy miały trzydzieści trzy głosy i trakturę pneumatyczną, stół gry był wyposażony w dwa manuały i pedał. 

Po 1945 zniszczeniu uległo 75% instrumentu, zostało 960 piszczałek. W latach 1985-1987 renowację i przebudowę organów przeprowadził Marian Nawrót z Wronek, piszczałki labialne wykonał Andrzej Zawadzki z Warszawy, głosy językowe - Czesław Leszczyński z Bydgoszczy; kontuar zbudowała firma Bronisława Cepki z Popowa koło Wronek. Konsultantem naukowym był Marian Dorawa, wybitny znawca i konserwator zabytkowych organów. 

Obecne organy kolegiaty są instrumentem koncertowym, czterdziestodziewięciogłosowym, o trakturze elektromagnetycznej, trzech manuałach i pedale; posiadają 3522 piszczałki. Zachowały one pierwotne brzmienie charakterystyczne dla organów niemieckich i stanowią cenny zabytek niemieckiego budownictwa organowego. Rozbudowany instrument - będący wotum parafii dobromiejskiej na jubileusz sześćsetlecia kolegiaty - przy wysokich walorach akustycznych wnętrza rokuje nadzieje na dobre i wszechstronne wykorzystanie tak dla celów liturgicznych, jak też prezentacji muzyki organowej dawnej i współczesnej.

Aktualnie organy powinny przejść kolejną renowację kładącą nacisk na oczyszczenie instrumentu, konserwację, sprawność techniczną, intonację i strojenie. Podczas ostatniej renowacji, w związku z dużym kosztem przeprowadzanych prac zrezygnowano z wymiany stojących mieszków tonowych. Prace te odłożono na późniejszy termin i do dziś nie zostały one wykonane. Żywotność mieszków wynosi 90 lat. Obecne lata stanowią górną granicę ich żywotności. Ich wymiana pozwoli na przedłużenie żywotności organów na kolejne 90 lat.

 

DYSPOZYCJA ORGANÓW

Manuał I Gedackt 8' Kwintaton 8' Krzywy róg 8' Rożek angielski 8' Pryncypał 4' Koppelflet 4' Flet leśny 2' Piccolo 1' Sesquialtera 2 2/3'+1 3/5' Szarf 4 ch Tremolo

Manuał II Bordun 16' Pryncypał 8' Flet otwarty 8' Flet kryty 8' Gemshorn 8' Trompet 8' Oktawa 4' Rurflet 4' Clarine 4' Nasat 2 2/3' Superoktawa 2' Kwinta 1 1/3' Kornet 3-4ch Mixtura 4ch

Manuał III Kwintaton 16' Pr. Rogowy 8' Lieblich gedackt 8' Salicet 8' Vox coelestis 8' Obój 8' Prestant 4' Trawersflet 4' Róg nocny 4' Fl. Leśny 2' Tercja 1 3/5' Cymbel 2ch Progresja 3ch Tremolo

Pedał Pryncypalbass 16' Subbas 16' Bordunbass 16' Puzon 16' Kwintbas 10 2/3' Oktawa 8' Basflet 8' Trompet 8' Chorał 4' Clarine 4' Okaryna 2' Mixturbas 4ch

 

Połączenia III/II, I/II, III/I, I/P, II/P, III/P, Super II/II, Super III/II, Sub III/II
Crescendo
Echo III